药学院现拥有中药学博士授权点、省部共建教育部新安医学重点实验室，建有安徽省院士工作站，成为国家中药类实验教学示范中心，是国家中药现代化科技产业基地(安徽)、国家基本药物所需中药材种子种苗繁育基地建设单位，安徽道地中药材品质提升协同创新中心牵头单位。制药工程专业是我校在全国开办最早的培养制药工程高级技术人才的专业。培养具备医药学、制药工程学等方面的基本理论、基本知识与技能，能在医药、生物化工等部门从事医药产品的生产、科技开发、应用研究和管理等方面的工程技术人才。
高等数学、大学物理学、有机化学、分析化学、物理化学、药用基础实验化学、医药学基础、工程制图、化工原理、药物化学、药物合成反应、工业药剂学、天然药物化学、制药工艺学、工程制图、化工原理、制药工程自动控制、制药设备与车间工艺设计、中药工程学、药事管理与法规、马克思主义哲学原理、英语、计算机等。
1、按照教育部、卫生部、中国残疾人联合会印发的《普通高等学校招生体检工作指导意见》执行，除“意见”中规定的六类疾病不予录取外，特别需要提出的是，学校医药类专业不录取色盲、色弱的考生。
2、医学部只招收理科考生，根据各省(自治区、直辖市)生源情况确定录取提档比例，提档比例控制在招生计划数的120%以内。
3、鉴于医药学类专业的培养要求和就业特点，学校建议残疾学生、传染性疾病者慎报。
培养目标制药工程专业培养以化学、药学、工程学为基础，掌握化学合成药物和天然药物制备、生产和研究的基本理论、基本知识、基本操作技能，具有从事化学合成药物和天然药物生产工艺研究、生产过程及质量控制的能力，能够在各类化学合成制药厂、中药制药厂、高等院校、药物研究院(所)，以及各级卫生政部门从事药品生产、研制及管理的制药专门人才。
就业方向学生毕业后能到医药、农药、生物工程和精细化工等部门和领域从事医药产品的生产、药物检验、科技开发、应用研究、经营管理及教学工作。毕业生也可以继续攻读制药工程、生物工程、海洋科学、药学与化学工程等硕士学位，从事高等学校和科研单位的教学科研工作。以及制药工程专业毕业生可继续攻读药学、医学及相关专业的硕士学位，或到与医药卫生相关的单位及部门从事中药、化学及生物药品的生产、工程设计、新药的研制与开发等科研、教学、市场营销及管理工作。
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