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医学院是在2014年7月8日由西南交通大学与成都市第三人民医院及7月10日由西南交通大学—成都军区总医院三方共同签署战略合作协议共建的，西南交通大学医学院、西南交通大学基础医学院、西南交通大学临床医学院、西南交通大学附属医院揭牌成立。西南交大与成都市第三人民医院及成都军区总医院开启了双方战略合作、协同共赢的崭新篇章，一所志存高远、卓尔不群的一流大学和一家大医精诚、厚德积善的一流医院将并肩屹立于天府之国、巴蜀大地。
学科建设方面，学院将以药学、生物医学工程、临床医学和生物化学与分子生物学等学科为依托，逐渐完善从本科到硕士、博士的培养体系;加强现有师资培养的同时，积极引进高层次、高水平人才，力争在基础医学、转化医学若干方向培养和引进国家级学科学术带头人;紧密围绕人才培养和学科建设搭建相关科研平台;搭建起多类型国际合作交流平台，积极与国内外高水平学校医学院和相关医疗机构开展学术科研合作与交流等。
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