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学校现拥有1个国家级实验教学示范中心——水产科学与技术实验教学示范中心;国家贝类加工技术研发分中心(湛江)、广东省珍珠养殖与加工工程技术研究中心、广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室、广东省水产品加工与安全重点实验室、广东省近海海洋变化与灾害预警重点实验室、广东省海洋开发研究中心、广东省雷州文化研究基地、广东省地方立法研究评估与咨询服务基地、海洋文化产业研究中心(与国家海洋局共建)、广东省人文社科重点研究基地——海洋经济与管理研究中心等30个省部级科研平台。

工程训练中心、航海技能训练中心等13个省级实验教学示范中心;南海水产经济动物增养殖重点实验室、水产经济动物病害控制重点实验室等21个厅级重点实验室;1个国家级大学生校外实践教育基地、17个省级大学生实践教学基地;1个广东省协同育人平台;5个广东省联合培养研究生基地。

拥有1个首批广东省协同创新平台培育对象——南海现代渔业协同创新中心。建有海洋资源与环境监测中心(具有国家资质认定计量认证实验室)、海洋药物研究与开发实验室等98个校级教学科研实验室。

有全国高校中水生生物标本最多的水生生物博物馆以及与国家海洋局第二海洋研究所共建的海洋遥感与信息技术实验室2个“全国海洋科普教育基地”。