法学部 为东大历史最老，也是声望很高的学部，日本历史上很多政界要人均出自该学部。设有民主、公法、政治学 3 系，附属部门有外国法文献中心，近代日本法政史资料中心。文学部 设文学、史学、语言学、行动学 4 系，附设文化交流，北海文化研究两实习实验部门。该学部亦出过众多名扬日本的文学家、诗人、俳名作家、艺人等明星。经济学部 仅含经济学、经营学两系，附属有日本产业经济研究室。教育学部 设教育学、教育心理学、学校教育、教育行政、体育和健康教育 5 系，附属学校有中学、高中各一所。医学部 有医学、健康护理学两系，附设脑研究实验室、医学电子实验室、声音语言医学实验室、实验动物饲养室，两所附属医院，附属学校有养护学校、接生护士学校。该学部以外科，特别是脑外科在世界上十分有名。理学部 设数学、信息科学、物理、天文、地球物理、化学、生物化学、生物科学、地学 9 系，附属部门有临海实验场、植物园、基本粒子物理国际中心、光谱化学研究中心、地壳化学研究室、天文学教学研究中心等。工学部 东京大学最庞大的学部，含有 23 个系 109 个讲座，几乎覆盖了所在地工程学科，包括土木、机械、电子、船舶、航空、原子能、资源、金属、材料、应用化学、应用物理、计算等领域的众多学科，还设有一个工程基础系，一个原子能工程研究和综合试验场。药学部 只含药学、制药化学两系，附设药用植物园。农学部 开设农业生物学、农业化学、林业学、水产学、农业经济学、农业工程、兽医学、林产学 8 系，附设有农场，实习林场、牧场、兽医院、水产实验场、绿地植物实验场等实习实验设施。教养学部 负责全校低年级学生的公共基础课，下分综合文化、地区文化、社会科学有关学科、系统自然科学、自然科学有关学科 5 系，并设有美国研究资料中心，语言文化中心、数理科学研究室等。大学院（研究生院）研究生院设有人文科学、教育学、法学与政治学、社会学、经济学、综合文化、理学、工学、农学、药学、原子能、数理科学 12 个研究科，共分 104 个专业研究方向。研究生院又具有学部的教学功能，它设有为本科生和研究生授课的教研室一类组织 95 个，分属于 10 个相当于系一级的机构中。人文社会系统研究科教育学研究科法学政治学研究科经济学研究科综合文化研究科工学系统研究科农学生命科学研究科医学系统研究科药学系统研究科数学理论科学研究科新领域创成科学研究科
